Μετά την κατάληψη και της Κρήτης από τα γερμανικά στρατεύματα όλη η Ελλάδα βρέθηκε υπό την κατοχή των δυνάμεων του άξονα. Επιβλήθηκε στη χώρα τριπλή κατοχή, καθώς μετά το γερμανικό στρατό ακολούθησαν ιταλικά και βουλγαρικά στρατεύματα κατοχής.
Η Ελλάδα χωρίστηκε σε τρεις ζώνες. Η Γερμανία, η Ιταλία και η Βουλγαρία έλεγχαν διαφορετικές περιοχές της χώρας, μετά από τη μεταξύ τους συμφωνία.
Οι Γερμανοί είχαν κάτω από τον έλεγχο τους την Αττική, την Κρήτη εκτός από το νομό Λασιθίου, τα νησιά του βορείου Αιγαίου, τη Μήλο, ένα μικρό μέρος της Θράκης, τη Θεσσαλονίκη, την Κεντρική και την Δυτική Μακεδονία. Οι Ναζί διατήρησαν στην κατοχή τους τις περιοχές που είχαν μεγάλη στρατηγική και οικονομική σημασία. Οι Γερμανοί αριθμούσαν γύρω στις 120.000 χιλιάδες άνδρες και χαρακτηρίζονταν από απάνθρωπη σκληρότητα και αγριότητα, ιδιαίτερα τα τάγματα εφόδου SS. Αμέσως μετά την γερμανική εισβολή, οι κατακτητές δέσμευσαν όλα τα αγαθά, τα προϊόντα και την παραγωγή της χώρας για τις ανάγκες του στρατού τους, προκαλώντας λιμό.
Το χειμώνα του 1941- 1942 πέθαναν από την πείνα περίπου 300.000 πολίτες. Παράλληλα οι Γερμανοί άρχισαν τις βίαιες ενέργειες, βασανίζοντας και σκοτώνοντας χιλιάδες Έλληνες. Οι εκτελέσεις ήταν καθημερινό φαινόμενο. Μετά την δημιουργία των αντιστασιακών οργανώσεων, οι κατακτητές άρχισαν τις μαζικές εκτελέσεις. Πολλά ήταν τα ολοκαυτώματα που διεπράχθησαν από τους Γερμανούς, όπως στην Κάνδανο Χανίων, στο Κομμένο Άρτας, στα Καλάβρυτα, στο Δίστομο Βοιωτίας και αλλού. Επιπλέον οι Γερμανοί έλαβαν κατοχικό δάνειο από την Ελλάδα εξαντλώντας τα χρηματικά αποθέματα του κράτους. Τα γερμανικά στρατεύματα άρχισαν να αποχωρούν από την Ελλάδα τον Οκτώβριο του 1944.
Οι Ιταλοί αν και ηττημένοι στον πόλεμο από τον ελληνικό στρατό, κατέλαβαν το μεγαλύτερο μέρος της χώρας που περιλάμβανε τη Θεσσαλία, την Ήπειρο, τη Στερεά Ελλάδα, την Εύβοια, τις Σποράδες, τις Κυκλάδες την Πελοπόννησο και το νομό Λασιθίου στην Κρήτη. Αριθμούσαν γύρω στους 140.000 χιλιάδες στρατιώτες. Η κατοχή από την Ιταλία ήταν σκληρή, αλλά σαφώς πιο ήπια σε σχέση με τους Γερμανούς κατακτητές. Κύριος σκοπός των Ιταλών ήταν η εθνολογική αλλοίωση κάποιων περιοχών που ήθελαν στο μέλλον να τις ενσωματώσουν στο Ιταλικό κράτος. Χαρακτηριστικό είναι το παράδειγμα των Επτανήσων, στα οποία η διοίκηση των Ιταλών ακολούθησε ασφυκτική πολιτική με στόχο τη μελλοντική προσάρτηση των νησιών. Επίσης στα σχέδια της ιταλικής διοίκησης ήταν και η αυτονόμηση κάποιων τμημάτων της Δυτικής Μακεδονίας και της Ηπείρου. Για αυτό το λόγο χρησιμοποίησαν τους Τσάμηδες και συνεργάστηκαν μαζί τους.
Οι Ιταλοί που έλεγχαν την Ηπειρωτική Ελλάδα ήρθαν πρώτοι σε συγκρούσεις με τις αντιστασιακές οργανώσεις. Ομαδικές εκτελέσεις έγιναν και από τους Ιταλούς στο Δομένικο Λάρισας και στην Τσαρίτσανη. Η Ιταλία συνθηκολόγησε το Σεπτέμβριο του 1943 και τα εδάφη που έλεγχε πέρασαν στη δικαιοδοσία των Γερμανών. Οι περισσότερες Ιταλικές μεραρχίες παραδόθηκαν στους Γερμανούς με τα πολεμοφόδια τους. Η μεραρχία Acqui στην Κεφαλλονιά και η Pinerolo στη Θεσσαλία αρνήθηκαν να παραδοθούν και αντιτάχθηκαν στους Γερμανούς. Έτσι οι πρώην σύμμαχοι του Άξονα, έγιναν εχθροί.
Οι Βούλγαροι εισέβαλλαν στην Ελλάδα στις 20 Απριλίου του 1941 και τους παραχωρήθηκε η Ανατολική Μακεδονία, το μεγαλύτερο μέρος της Θράκης, η Θάσος και η Σαμοθράκη. Τον Ιούλιο του 1943 η Γερμανία τους έδωσε την Κεντρική Μακεδονία και τη Χαλκιδική. Ο αριθμός των βουλγαρικών δυνάμεων ήταν περίπου 50.000 χιλιάδες άνδρες. Πρωταρχικός στόχος και επιδίωξη των Βουλγάρων, ήταν να αποκτήσουν διέξοδο στο Αιγαίο. Μετά λοιπόν την εισβολή τους, επέβαλλαν σκληρή κατοχή και προσπάθησαν να εξαναγκάσουν σε φυγή τους Έλληνες. Έκλεισαν ελληνικά σχολεία και προσπάθησαν να εκβουλγαρίσουν το ντόπιο πληθυσμό με τη δημιουργία βουλγαρικών σχολείων. Καθιερώθηκε δε ως επίσημη γλώσσα η βουλγαρική. Στον τομέα της οικονομίας επιβλήθηκε βαριά φορολογία στους Έλληνες για να περιοριστεί η οικονομική τους δραστηριότητα. Η περιουσία της εκκλησίας κατασχέθηκε και ο ελληνικός πληθυσμός οδηγήθηκε στον υποσιτισμό λόγω της έλλειψης τροφίμων, καθώς υπήρχαν συνεχείς επιτάξεις από τα βουλγαρικά στρατεύματα. Αρκετοί Έλληνες αναγκάστηκαν να εργαστούν υποχρεωτικά σε τάγματα εργασίας στη Βουλγαρία, κάτω από απάνθρωπες συνθήκες. Επίσης η βουλγαρική διοίκηση έφερε για εγκατάσταση βούλγαρους πολίτες επιτάσσοντας τα σπίτια των Ελλήνων. Παράλληλα οι βουλγαρικές δυνάμεις έκαναν βιαιότητες σε βάρος των Ελλήνων με βασανιστήρια, κακοποιήσεις και βιασμούς. Επιπλέον ο στρατός των Βουλγάρων επιδόθηκε σε σφαγές όπως στο Δοξάτο Δράμας στις 29 Σεπτεμβρίου 1941.
Η τριπλή λοιπόν κατοχή η οποία επιβλήθηκε στην Ελλάδα για περισσότερα από τρία χρόνια είχε ολέθριες συνέπειες για τον πληθυσμό της χώρας. Εκατοντάδες χιλιάδες άνθρωποι χάθηκαν από τις εκτελέσεις, τα βασανιστήρια και την πείνα. Οι υλικές υποδομές καταστράφηκαν και η οικονομία οδηγήθηκε σε πλήρη κατάρρευση.
