Η κατάληψη της Ελλάδας ξεκίνησε το 1941 με την εισβολή των γερμανικών δυνάμεων και έληξε το 1944. Η εκπαίδευση κατά τη διάρκεια της τριπλής κατοχής δέχθηκε ανεπανόρθωτο πλήγμα.
Οι δυνάμεις κατοχής επέταξαν πολλά σχολικά κτήρια, τα οποία χρησιμοποίησαν για άλλες εργασίες. Αρκετά από αυτά τα σχολικά συγκροτήματα έπαθαν μεγάλες ζημιές και έμειναν χωρίς τον απαραίτητο εξοπλισμό για τη λειτουργία τους. Τα μαθήματα της σχολικής χρονιάς 1940-1941 διακόπηκαν στις 28 Οκτωβρίου 1940 με την έναρξη του πολέμου εναντίον της Ιταλίας. Στη συνέχεια και μέχρι το τέλος της κατοχής τα σχολεία λειτουργούσαν με διακοπές, καθώς η κατάσταση που επικρατούσε δεν επέτρεπε την ομαλή λειτουργία τους. Το σχολικό έτος 1941-1942 λόγω της πείνας είχε εξάμηνη διάρκεια. Παρόμοιες ήταν και οι υπόλοιπες σχολικές χρονιές με διαστήματα που διακόπτονταν τα μαθήματα ή άρχιζαν πολύ αργότερα.Οι δωσίλογες κυβερνήσεις, επειδή φοβόντουσαν ότι τα σχολεία και τα πανεπιστήμια αποτελούσαν εστίες αντίστασης εναντίον των δυνάμεων κατοχής καθυστερούσαν την έναρξη της σχολικής χρονιάς και περιόριζαν τη διάρκεια της.
Η δομή της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, αποτελούνταν από τετρατάξιο δημοτικό, εξατάξιο γυμνάσιο και διτάξιο λύκειο. Το διδακτικό προσωπικό αντιμετώπισε πολλές δυσκολίες για να ανταποκριθεί στις απαιτήσεις της εκπαίδευσης. Αρκετοί δάσκαλοι και καθηγητές που συμμετείχαν στο αλβανικό μέτωπο σκοτώθηκαν ή τραυματίστηκαν σοβαρά. Παράλληλα οι εκπαιδευτικοί, όπως και όλοι οι πολίτες ήρθαν αντιμέτωποι με την πείνα. Αυξημένες ήταν οι αποσπάσεις των εκπαιδευτικών μετά τον πρώτο χειμώνα, προς τις μεγάλες πόλεις για να λύσουν το επισιτιστικό τους πρόβλημα. Έτσι τα σχολεία της επαρχίας δεν λειτουργούσαν λόγω έλλειψης προσωπικού. Οι δάσκαλοι και οι καθηγητές ήταν υποχρεωμένοι να πειθαρχούν στις αποφάσεις της δωσίλογης κυβέρνησης. Τα βιβλία που διδάσκονταν και τα μαθήματα ελέγχονταν από τις δυνάμεις κατοχής και υποβάλλονταν σε λογοκρισία, ώστε να είναι σύμφωνα με τις απόψεις τους. Αρκετοί εκπαιδευτικοί πήραν ενεργά μέρος στην αντίσταση. Άλλοι μέσω των μαθημάτων προσπάθησαν, όσο τους επέτρεπε η κατάσταση να κρατήσουν ζωντανό το φρόνημα των μαθητών για απελευθέρωση.
Οι μαθητές παρακολουθούσαν τα μαθήματα, τις περισσότερες φορές περιστασιακά, ενώ αρκετοί εγκατέλειπαν το σχολείο. Πολλά παιδιά πέθαναν από την πείνα και τις ασθένειες. Τα δημοτικά σχολεία είχαν κύριο στόχο να απασχολήσουν τα παιδιά, παρά να τους παρέχουν γνώση και μόρφωση.Στο γυμνάσιο, πολλοί μαθητές των μεγαλύτερων τάξεων συμμετείχαν στην αντίσταση και γίνονταν μέλη οργανώσεων. Η πιο μαζική σε συμμετοχή και δραστηριότητα οργάνωση ήταν η ΕΠΟΝ. Οι μαθητές πήραν μέρος σε όσες διαδηλώσεις έγιναν κατά τη διάρκεια της κατοχής και αρκετοί βασανίστηκαν, φυλακίστηκαν και εκτελέστηκαν.
Στην τριτοβάθμια εκπαίδευση τα πανεπιστήμια λειτουργούσαν και αυτά με διακοπές. Το Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, η Πάντειος, το Αριστοτέλειο και η Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών ήταν τα μεγαλύτερα εκπαιδευτικά ιδρύματα. Οι καθηγητές δεν μπορούσαν να ασκήσουν ελεύθερα το έργο τους. Τα βιβλία που έδιναν στους φοιτητές ελέγχονταν από τις δωσίλογες κυβερνήσεις, ενώ και οι ίδιοι κρίνονταν για να διαπιστωθεί, εάν παρακινούσαν τους φοιτητές σε αντιστασιακές ενέργειες. Πολλοί φοιτητές συμμετείχαν στην αντίσταση με διάφορους τρόπους. Διακινούσαν παράνομο υλικό, έπαιρναν μέρος σε αντιστασιακές ενέργειες και αρκετοί πήραν τα όπλα συνεχίζοντας ως αντάρτες τον αγώνα.
Παράλληλα η κυβέρνηση του βουνού που ήταν καλά συγκροτημένη και βρισκόταν στα εδάφη που έλεγχαν οι αντάρτες είχε οργανώσει την εκπαίδευση. Είχαν δημιουργηθεί αρκετά δημοτικά και γυμνάσια, στα κτήρια που λειτουργούσαν παλαιότερα ως σχολεία. Σε αυτά εργάζονταν ως εκπαιδευτικοί δάσκαλοι και καθηγητές που είχαν γίνει αντάρτες και ήταν οργανωμένοι στην αντίσταση. Παρά τις ελλείψεις σε βιβλία εκδόθηκαν δύο νέα αναγνωστικά για το δημοτικό και η ανταπόκριση του πληθυσμού ήταν σημαντική. Επίσης ιδρύθηκαν δύο παιδαγωγικά φροντιστήρια, στα οποία φοιτούσαν δάσκαλοι που δεν είχαν παιδαγωγική εμπειρία και μαθητές γυμνασίου που επιθυμούσαν να γίνουν δάσκαλοι.
Η εκπαίδευση λοιπόν αν και αντιμετώπισε πολλά προβλήματα συνέχισε να λειτουργεί έστω πλημμελώς. Αν και οι δυνάμεις κατοχής έλεγχαν το περιεχόμενο της παρεχόμενης εκπαίδευσης, εντούτοις παρά τις αντίξοες συνθήκες η εκπαιδευτική διαδικασία παρεχόταν αποσπασματικά και σε πολλές περιπτώσεις περιστασιακά. Σε αντίθεση με τις περιοχές που έλεγχαν οι αντάρτες και ως εκ τούτου είχαν οργανώσει την εκπαίδευση σε ικανοποιητικό τρόπο.
